La Secretaría Ejecutiva tiene como finalidad contribuir a la gestión directiva institucional, a través de la coordinación para la formulación y ejecución de planes y proyectos de desarrollo, definición de políticas, asistencia jurídica y profesionalización del recurso humano, para la eficaz consecución de los objetivos de la Institución. Es por ello que cuenta con el apoyo de las Unidades de Planificación, Jurídica, Asesoría Ejecutiva y Asesorías Internacionales.
A través de esta Secretaría se impulsa la coordinación interpolicial a nivel Centroamericano, México y el Caribe. Así mismo con los países que integran el Sistema de Integración Centroamericana. (SICA)
